第三阶段，2001年至今，局部直接通汇阶段。迫于形势需要，又出于鼓励台商资金回流及掌握台资流向的考虑，台湾当局逐步开放两岸直接通汇。2001年6月，台湾当局修订《台湾地区与大陆地区金融业务往来许可办法》，开放岛内银行OBU与外资银行在大陆的分支机构、大陆银行的海外分支机构直接通汇。同年11月，台湾当局允许岛内银行OBU及海外分支机构直接与大陆银行及其海外分支机构进行直接金融业务往来。开放范围包括：收受存款、办理汇兑、签发信用证、信用证通知、进出口押汇及托收、代理收付款及同业往来等。台湾有10多家银行的OBU获准与大陆银行直接通汇、签署合作或代理协议、交换环球银行金融电讯协会密码（SWIFT CODE），但这些业务到次年7月才正式启动。继OBU之后，2002年台湾当局批准岛内银行的DBU与大陆银行直接通汇。2月15日，台湾当局修正公布《台湾地区银行办理大陆地区进出口外汇业务作业准则》与《台湾地区金融机构办理大陆地区汇款作业准则》，规定DBU与邮汇局可办理对大陆地区直接汇款业务，但汇款项目限于赴大陆商务所需费用、支付大陆地区出版品、广播电视节目制作费用、分摊两岸通信费用以及经主管机关许可办理的直接经贸往来项目等，直接投资汇款则不能通过岛内银行DBU进行。2003年4月，台湾第一银行等20多家岛内银行DBU开始办理两岸直接通汇业务，两岸直接通汇再次取得突破。但是，同年4月30日，台湾当局修正的《外汇收支或交易申报办法》规定，两岸通汇不能使用人民币和新台币，且对外汇使用额度也有限制，即“公司、行号每年累积结购或结售金额不得超过5000万美元；团体、个人不得超过500万美元”。
2007年，为提升OBU与海外分支机构的国际竞争力，台湾当局除了开放办理大陆地区境内交易产生的外币应收账款收买业务，也将授信业务的对象扩大到外商企业在大陆地区的分支机构，以吸引台商与外商利用OBU作为两岸资金调度的中心。但并未开放大陆企业使用台湾地区银行OBU，且对大陆台商的授信上限，仍保持在OBU与海外分支机构资产净额的30％，并由银行自行管理授信风险。
大陆方面，2002年7月中国人民银行正式批准大陆的银行与台湾地区银行开展直接通汇业务。7月11日中国工商银行宣布全面受理公司客户和自然人与台湾地区银行各类结算通汇业务。工商银行经中国人民银行批准与台湾合作金库等22家银行及12家外商银行在台分行交换了结算控制文件，正式建立代理关系，从而开通了大陆商业银行与台湾银行直接通汇的渠道。与此同时，中国银行、中国建设银行、中国农业银行等先后与台湾多家银行签署代理协议，建立直接通汇关系。7月13日，工商银行厦门分行与台湾彰化银行率选完成一笔台商向台湾的直接汇款业务，这是海峡两岸50余年来第一次直接通汇业务。随着大陆大部分商业银行与台资银行建立代理行关系，改变了过去海峡两岸的汇款和贸易结算均采用经第三地银行转汇的间接通汇局面。
局部的两岸直接通汇实现后，两岸汇款总额已从2001年6 月的5.82亿美元，增至2008年2月的167.05亿美元，7年间大幅增长了27倍。对银行业而言，汇款收入也增长了27倍。由于OBU承做直接通汇可享有免受外汇条例限制、存款利息免税、高隐密性等优点，因此自2002年开通以来，台商利用OBU进行直接通汇的金额每年都出现两位数的增长，OBU已经成为台商进行海外与大陆资金调度的重要渠道。截至2007年底，共有31家岛内银行和16家外资银行承做两岸汇款与进出口外汇业务，全年金额为2098亿美元，较上年增长了27％，OBU与海外分支机构办理大陆台商授信的总余额也达到了10.35亿美元。台湾本地银行OBU的竞争实力因两岸直接通汇而大大增强，台湾本地OBU对两岸汇款业务的占有率从2001年的27.95％，大幅增加为2005年的46.47％，而外资银行OBU和业务量占有率则由72.05％降为53.53％。另据台湾“中央银行”统计，两岸直接通汇后，2007年底岛内银行OBU资产已达912.8亿美元，海外资产为576.4亿美元，合计共1489.2亿美元。这对民众而言，大大缩短了海峡两岸之间通汇时间，节省了中间环节的手续费，还可方便台商节税与资金调度。据估计，台湾与大陆大城市的通汇时间可在24小时达到，中等城市也在2-3天达到，较间接通汇节省一半以上的时间。同时每笔通汇手续费节省15-20美元，一年总计节省费用超过5000万美元。
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