北线飞航路线为：
自B576 BERBA点（N27°04′41″E123°00′00″）经双方议定之航管交接点A点（Ｎ27°26′20″E122°25′19″）至东山双向使用。
二、货运包机
（一）承运人：双方同意各自指定二或三家航空公司经营货运包机业务。
（二）航点：大陆方面同意开放上海（浦东）、广州，台湾方面同意开放桃园、高雄小港作为货运包机航点。
（三）班次：双方每月共飞六十个往返班次，每方三十个往返班次．其中，双方上海（浦东）、广州两个航点每月每航点各飞十五个往返班次。在每年十月至十一月间的货运旺季，双方可各自增加十五个往返班次。
（四）商务安排：双方航空公司采商业合作方式经营，并向双方航空主管部门备案后实施。
三、客运包机
（一）航点：大陆方面同意在现有北京、上海（浦东）、广州、厦门、南京五个周末包机航点的基础上，开放成都、重庆、杭州、大连、桂林、深圳、武汉、福州、青岛、长沙、海口、昆明、西安、沈阳、天津、郑州等十六个航点作为客运包机航点。台湾方面同意将已开放的桃园、高雄小港、台中清泉岗、台北松山、澎湖马公、花莲、金门、台东等八个航点作为客运包机航点。
（二）班次：双方每周七天共飞不超过一百零八个往返班次，每方各飞不超过五十四个往返班次。其中台湾方面至上海（浦东）的班次不超过二十个往返班次。今后视市场需求适时增减班次。
（三）其他事宜：客运包机常态化安排实现后，此前的节日包机安排不再执行。春节期间可视情适量增加临时包机。
（四）邮件运输：双方同意利用客运包机运送双方邮件。
海峡两岸海运协议（全文）
为实现海峡两岸海上客货直接运输，促进经贸交流，便利人民往来，海峡两岸关系协会与财团法人海峡交流基金会就两岸海运直航事宜，经平等协商，达成协议如下：
一、经营资格
双方同意两岸资本并在两岸登记的船舶，经许可得从事两岸间客货直接运输。
二、直航港口
双方同意依市场需求等因素，相互开放主要对外开放港口。
三、船舶识别
双方同意两岸登记船舶自进入对方港口至出港期间，船舶悬挂公司旗，船艉及主桅暂不挂旗。
四、港口服务
双方同意在两岸货物、旅客通关入境等口岸管理方面提供便利。
五、运力安排
双方按照平等参与、有序竞争原则，根据市场需求，合理安排运力。
六、税收互免
双方同意对航运公司参与两岸船舶运输在对方取得的运输收入，相互免征营业税及所得税。
七、海难救助
双方积极推动海上搜救、打捞机构的合作，建立搜救联系合作机制，共同保障海上航行和人身、财产、环境安全。发生海难事故，双方应及时通报，并按照就近、就便原则及时实施救助。
八、辅助事项
双方在船舶通信导航、证照查验、船舶检验、船员服务、航海保障、污染防治及海事纠纷调处等方面，依航运惯例、有关规范处理，并加强合作。
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